খসড়া অধ্যাদেশ অনুযায়ী প্রস্তাবিত উচ্চশিক্ষা কমিশনের মূল দায়িত্ব হবে দেশের উচ্চশিক্ষা ও গবেষণার চাহিদা নিরূপণ, গুণগত মানোন্নয়নে পরিকল্পনা গ্রহণ, নীতি ও নীতিমালা প্রণয়ন এবং সরকারি বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর বাজেট প্রণয়ন ও বাস্তবায়ন তদারকি। পাশাপাশি দেশি-বিদেশি গবেষণা প্রকল্পের ওপর নজরদারিও করবে কমিশন।

নতুন বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে প্রয়োজনীয়তা ও অগ্রাধিকার নির্ধারণের ক্ষমতা থাকবে কমিশনের হাতে। নির্ধারিত মানদণ্ডের ভিত্তিতে প্রতি তিন বছর পরপর দেশের বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর র‍্যাঙ্কিং প্রকাশ করা হবে। র‍্যাঙ্কিংয়ে পিছিয়ে থাকা বিশ্ববিদ্যালয়গুলোকে বিশেষ তদারকির আওতায় আনার ব্যবস্থাও থাকবে।

আন্তর্জাতিক মানের সঙ্গে সামঞ্জস্য রেখে পাঠ্যক্রম উন্নয়ন, আন্তবিশ্ববিদ্যালয় ক্রেডিট স্থানান্তর এবং শিক্ষার্থী–শিক্ষক–গবেষক বিনিময় কর্মসূচি বাস্তবায়নেও কমিশন সহযোগিতা করবে।

কমিশন প্রয়োজনে বিশ্ববিদ্যালয় পরিদর্শন, হিসাব তলব ও মূল্যায়ন করতে পারবে এবং অনিয়ম বা দুর্নীতির অভিযোগে স্বপ্রণোদিত হয়ে তদন্ত ও ব্যবস্থা নেওয়ার ক্ষমতা রাখবে। কোনো বিশ্ববিদ্যালয় নির্দেশনা অমান্য করলে বরাদ্দ স্থগিত, কোর্স বা প্রোগ্রামের অনুমোদন বাতিল বা স্থগিত, এমনকি ভর্তি বন্ধের সিদ্ধান্তও নিতে পারবে কমিশন।

তবে এসব সিদ্ধান্তের বিরুদ্ধে সংশ্লিষ্ট বিশ্ববিদ্যালয় ৩০ দিনের মধ্যে কমিশনের কাছে রিভিউ আবেদন করতে পারবে। কমিশনের সিদ্ধান্তে সন্তুষ্ট না হলে আচার্যের কাছে আবেদন করার সুযোগ থাকবে। কমিশন প্রতিবছর ৩০ সেপ্টেম্বরের মধ্যে আগের অর্থবছরের সার্বিক কার্যক্রম নিয়ে বার্ষিক প্রতিবেদন রাষ্ট্রপতির কাছে জমা দেবে, যা জাতীয় সংসদে উপস্থাপন করা হবে।